良好的饮水卫生，需要一套完善的饮水系统清洗消毒程序。猪场水线的结构多种多样，它们的状态不断变化，这些都会给水线卫生带来挑战。不过，我们可以利用日常的水质信息、正确的清洗消毒方法化解这些挑战。遵循下列指导原则，您的猪只将拥有一流的饮水供给。
第一步：分析水质。
分析结垢的矿物质含量（钙、镁和锰）。如果水中含有90ppm以上的钙镁，或者含有0.05ppm以上的锰、0.3ppm以上的钙和0.5ppm以上的镁，那么您就必须把除垢剂或酸化剂纳入您平时的清洗消毒程序，这些产品将溶解水线及其配件中的矿物质沉积物。
第二步：选择清洗消毒剂。
选择一种能有效地溶解水线中的生物膜或黏液的清洗消毒剂。具有这种功用的最佳产品就是浓缩双氧水溶液，目前市场上有多家产品，在使用高浓度清洗消毒剂之前，请确保排气管工作正常，以便能释放管线中积聚的气体；此外，请咨询您的设备供应商，避免不必要的损失。
第三步：配置清洗消毒溶液。
为了取得最佳效果，请使用清洗消毒剂标签上建议的上限浓度。大多数加药器只能将原药液稀释至0.8－1.6％。如果您必须使用更高的浓度，那么就在一个大水箱内配制清洗消毒溶液，然后不经过加药器、直接灌注水线。譬如要配制成3％的溶液，则在97份的水中加入3份原药液。最好的清洗消毒溶液可用35％的双氧水溶液配制而成。
第四步：清洗消毒水线。
做好计算工作：灌注长30米、直径20毫米的水线，大约需要30－38升的清洗消毒溶液。如果你是150米长的猪舍，有两条水线，那么您最少要配制380升的消毒液。水线末端应设有排水口，以便在完全清洗后开启排水口、彻底排出清洗消毒溶液。请遵循下列程序和步骤清洗消毒水线：
1．打开水线，先彻底排出管线中的水。
2．用清洁消毒溶液灌入水线。
3．观察从排水口流出的溶液是否具有消毒溶液的特征，比如是否有泡沫。
4．一旦水线内充满清洗消毒溶液，立即关闭阀门；根据制造商的建议，将消毒液保留在管线内24小时。
5．保留一段时间后，冲洗水线。冲洗用水应含有消毒药，浓度与猪只日常饮水中的浓度相同。如果您的猪场没有标准的饮水消毒程序，那么建议您在1升水中加入30克5％的漂白粉，制成浓缩消毒液，然后再以每升水加入7.5克的比例，稀释浓缩液，即可制成含氯3－5ppm的冲洗水。
6．水线经清洗消毒和冲洗后，流入的水源必须是新鲜的，并且必须是经过加氯处理的（离水源最远处的浓度为3－5ppm）。
7．在空舍期间，从水井到猪舍的管线也应得到彻底的清洗消毒。最好不要用舍外管线中的水冲洗舍内的管线。请把水管连接到加药器的插管上，反冲舍外的管线。
第五步：去除水垢。
水线被清洗消毒后，可用市场上的除垢剂或酸化剂产品去除其中的水垢。柠檬酸是一种具有除垢作用的产品。使用除垢剂时，遵循制造商的建议。
1. 将110克柠檬酸加入1升水中，制成浓缩溶液。按照7.5克：1升的比例，稀释浓缩液。用稀释液灌注水线，并将稀释液在水线中保留24小时。记住：要达到最佳除垢效果，Ph值必须低于5。
2. 排空水线。配制每升含有60－90克5％漂白粉的浓缩液，然后以7.5克浓缩液：1升的比例稀释成消毒溶液。用消毒溶液灌注水线，并保留4小时。这种浓度的游离氯将杀灭残留细菌，并进一步去除残留的生物膜。
3.用洁净水冲刷水线（应在水中添加常规饮水消毒浓度的消毒剂－每升浓缩液中含有30克的5％漂白粉，然后再以7.5克：1升的比例进行稀释），直至水线中的氯浓度降到5ppm以下。
第六步：保持水线清洁。
猪场水线经清洗消毒后，保持水线洁净至关重要。应为猪只制定一个良好的日常消毒规程。理想的水线消毒规程应包含加入消毒剂和酸化剂。请注意，这种程序可能需要两个加药器，因为在配制浓缩液时，酸和漂白粉不能混合在一起。如果只有一个加药器，那么请在饮水中加入每升含有40克5％漂白粉的浓缩液，稀释比为7.5克浓缩液：1升。目标是，使猪舍最远端的饮水中保持3－5ppm稳定的氯浓度。
清洁消毒时几个重要的操作标准指数
| 好 | 可接受 | 不可接受 | |
| 水源：细菌数/毫升 | 0－100 | 101－300 | ＞301 |
| 大肠杆菌数/毫升 | 0 | 1 | |
| 假单胞菌数/毫升 | 0 | 1 |
市场上其他的清洗消毒剂
臭氧（O3）是一种非常有效的细菌病毒杀灭剂和化学氧化剂；它与铁锰元素起反应，使二者更容易被过滤清除。它的功效不受pH值影响，与氯同时使用时，能使氯失活。然而，臭氧是一种接触消毒剂，挥发很快，水线中不会有残留物。
二氧化氯泡腾片正逐渐被用作家畜饮水消毒剂，因为新的生成方法已经解决了它的应用问题。作为一种杀菌剂，二氧化氯和氯一样有效；作为病毒杀灭剂，它可能比游离氯效率更高；在去除铁锰方面，它比游离氯更出色。它不受pH值的影响。
注意事项
1. 请不要把酸化剂用作水处理的唯一方法，因为单独使用酸化剂可以造成细菌和真菌在水线中生长增殖。
2. 越来越多的人把双氧水用作饮水消毒剂。pH值和碳酸盐的碱性影响双氧水的效率；它可以被储存在使用现场，但过期后很容易失效。它是一种强氧化剂，但不会有任何残留。
3. 双氧水刺激性强，现场操作需要小心。使用前，必须在设备组件上做一个试验。为了防止对人员和设备造成损伤，必须严格遵循操作和使用剂量的说明。国际上经硝酸银稳定处理的50％双氧水（欧洲西班牙某公司出品），被证明是一种非常有效的消毒剂和水线清洁剂，而且它不会损伤水线。
4. 当我们给猪只使用其他药物或疫苗时，应停止在饮水中加氯。游离氯能使疫苗失活，能降低一些药物的效力。当投药或免疫结束后，才可以在饮水中继续使用氯或/和其他消毒剂。
5. 请务必始终遵循设备和药品制造商的指导原则。
