1.6疫苗来源复杂
规模化猪场猪只所用疫（菌）苗来源相当复杂。仅有少部分猪场业主向动物防疫主管部门订购、需时领用，其余的猪场业主有的自己到兽要店、饲料市场购买，有的在邻县兽要店、饲料经营者手中购买，也有的通过养殖“师傅”传输过来。这些疫苗可能存在以下问题：其生产厂家是否是GJ的重点生产企业，疫苗的运输、保管过程是否按要求进行，冷链系统是否健全完善，疫苗是否安全有效，使用后免疫力是否增强。目前，已有个别猪场（户）出现了部分猪只免疫失效的现象。
1.7没有进行免疫抗体监测
据了解，个别养猪场未进行抗体监测，对源抗体水平也不清楚，导致疫苗接种过早或过晚，病毒活疫苗被机体内抗体部分甚至完全中和，不能有效刺激抗体免疫系统产生免疫应答，或者机体应答水平尚未达到保护水平，猪只已感染，甚至已经发病；将个体或个体以上有干扰反应的活疫苗同时接种，由于可能互相影响以致机体对活体疫苗的抗体应答显著水平低，从而影响疫苗的免疫效果。
1.8病死猪无害化处理不严
无害化处理不严，给病原体造成存活繁殖的机会。据了解，个别养猪业主对病死猪无害化处理概念非常淡薄，认识不高，舍不得将病死猪肉销毁处理，而是廉价卖给不法商贩去加工成烤猪、腊肠、腊肉等。此做法不仅坑害消费者，而且由此造成病原体的传播扩散，同时造成周围环境（道路、场地、沟渠等）被严重污染，对下一批乃至以后猪群的健康养殖构成极大的威胁。无害化处理不严引发的却是某种疫病的持续性发生或周期性出现。
1.9环保意识淡薄
规模化猪场业主粪便、污水处理意识淡薄，设施简陋、处理能力低，为了达到利益最大化追求经济效益，环保意识不强，对粪便、污水处理的意识差。有的规模化猪场根本没有粪便、污水处理设备系统，有的虽有处理设备，但由于会增加生产成本并没有实际开展工作。有部分规模猪场没有相应的配套耕地消纳其生产的粪便，客观上形成了严重的农牧脱节，养殖形成一定规模后，容易出现规模化猪场严重污染环境的状况。环境意识淡薄，没有妥善处理粪便、污水，不能有效的杀死粪便中的寄生虫和病原微生物，这会引起疫病的发生。
1.10饲养管理人员素质低
据调查，有部分中小规模养殖场为了节约成本，不聘请畜牧兽医专业技术人员，只有不到25%的猪场聘请了畜牧兽医技术人员。大部分猪场的从业人员是从其他行业转型从事养殖的，没有受过系统的专业培训，对养殖业的高风险认识明显不足，缺乏必要的防疫知识和防病意识，普遍存在着重饲养轻管理、重治疗轻防疫的思想。有个别猪场从业人员缺乏防疫管理意识、免疫接种意识、免疫抗体监测意识，缺乏引种隔离检疫意识，缺乏病死猪无害化处理意识，一旦发病损失严重。
1.11生产记录不规范
据了解，有部分猪场各项制度不太完善，均出于习惯不愿意做生产记录，怕麻烦，没做生产记录。有的猪场根本就不建立免疫及其他登记台账。有的猪场有免疫、用药、用料、消毒、疫病治疗、无害化处理等生产环节的生产记录，但不够详细、全面、规范，实施可追溯制度落不到实处，畜产品质量安全不受保障。
